Under rådande omständigheter är det regeringen och inte Transportstyrelsen som behandlar och prövar ärenden kring trafiktillstånd.
Bulletin har tidigare rapporterat om att Areoflot stängts av från det internationella bokningssystemet Sabre som ett led i sanktionerna mot Ryssland.
Läs även: Aeroflot stängs av från bokningssystem
– Jag förutsätter att man (det ryska flygbolaget) är berett på att man inte kommer att få ansökan godkänd. Jag kan möjligtvis vara förvånad över att man lämnat in en ansökan, säger Tomas Eneroth till Di.
Tomas Eneroth påpekar att hela EU gör samma bedömning och att det ryska flygbolaget kommer att få avslag i flera andra EU-länder.
– Det är viktigt att vi i enlighet med de sanktioner som finns är tydliga gentemot Ryssland och inte öppnar upp för flygtrafik, säger ministern.
EU-beslutet om sanktioner mot Ryssland innebär bland annat att flygplan som är registrerade i Ryssland eller som ägs eller kontrolleras av ryska företag eller privatpersoner inte får flyga över något EU-land.
Amerikanska CNN rapporterade i början på april att 21 ryska flygbolag svartlistas av EU, då de bedöms utgöra en säkerhetsrisk.
Läs även: Ryska flygbolaget Aeroflot stoppas från Arlanda